La temporada 2013-14 se presentaba como todo un reto para el filial, ya que tendría que sobreponerse a las bajas de futbolistas clave como Gerard Deulofeu, Sergi Roberto o Rafinha, reclamados para la primera plantilla o cedidos a otros equipos. ↑ ««¿Por qué tienen esos apodos los equipos?»». ↑ R., L. (1 de junio de 1997). «Duro golpe a la cantera del Real Madrid en el Vicente Calderón». ↑ Soler, Jaume (14 de septiembre de 1997). «Un tanto tempranero de Sequeiros resulta decisivo». Rayo Majadahonda y el Club Atlético de Madrid, finalizado con victoria colchonera por 0-1. De esta relación en la que desde 1995 se empieza a emplear el Campo Municipal Cerro del Espino como feudo, el 13 de mayo de 1997 se firma un convenio de colaboración deportiva entre el C.F. En el partido de Asturias, tras mucho sufrimiento, el Atlético B consigue imponerse: 0-1. En el Cerro del Espino, la historia es bien distinta, el Atlético B apabulló a un Caudal desquiciado ante su inminente descenso: 3-0, así se cerró una nefasta temporada, con el mejor final posible dentro de lo que cabía. ». Historia del Fútbol Canario.
El Club Atlético de Madrid tuvo una histórica sección de balonmano entre los años 50 y 1994 que llegó a ser uno de los mejores equipos del balonmano español entre los años 60 y 80, en pugna con el Balonmano Granollers, FC Barcelona y CB Calpisa. Ayuntamiento de Majadahonda, pasando el club majariego a ser filial de los rojiblancos. Durante estos años el filial rojiblanco tiene numerosos problemas para conservar la permanencia, pero su labor formativa es plena al proporcionar jugadores a la primera plantilla como: Abel Resino, Mejías, Tomás Reñones, Sergio Morgado, Marina, Clemente, Mínguez o Pedraza. En este nuevo ciclo pasarán importantes jugadores por su plantilla como: el portero Ricardo, el defensa brasileño Iván Rocha, los medios Pablo Lago, Baraja, Casquero, Luque o Diego Rivas, los delanteros Santi Ezquerro, Yordi y Tevenet, así como jugadores internacionales como los serbios Paunovic y Tomic, o el sudafricano Fortune. En esta década, son muchos los jugadores que llegan a formar parter de la primera plantilla rojiblanca: Los porteros Falcón, Iván Cuéllar, Roberto y Joel Robles, los defensas Pablo Sicilia, Pinola y Molinero, los medios Zahínos, Gabi, Juanma Ortiz, Del Pino y Cedrick, los delanteros Toché, Arizmendi y Braulio, así como jugadores internacionales Antonio López, Manu Del Moral, De Gea, Mario Suárez, Camacho, Domínguez y Koke.
La temporada 10/11 es distinta y tras emplear un numeroso grupo de jugadores, los resultados no son los apetecidos y a domicilio se obtienen pocos puntos, situándose en tierra de nadie y sin aspiraciones de sumar algo importante en un torneo apático. En general, la mayoría de los países tienen dos torneos principales al año: Colombia (Apertura y Clausura) (la temporada arranca según el calendario europeo), México (ídem, pero en el orden inverso), Chile (Torneo Nacional y Copa Chile), España (Liga y Copa del Rey), Italia (Serie A y Copa Italia), etc. Tras el descenso obtiene unos resultados discretos en Segunda B, pero en la campaña 88/89 realiza un gran torneo y se proclama Campeón, ascendiendo directamente a Segunda División A. Su regreso a la categoría de plata la sesión 90/91 y entrenados por Josu Ortuondo es efímero, y tras unos números negativos acaba como colista, descendiendo a Segunda División B. En su plantilla se encuentran jugadores de la talla de López o Toni, que darán el salto al primer equipo.
Después del final de la era Decker, el equipo no pudo durante mucho tiempo conectarse con los viejos éxitos; estos se limitaron principalmente a victorias sorpresa en juegos individuales. A lo largo de la temporada, hubo tres entrenadores por el banquillo blanquiverde: Albert Ferrer, el técnico del ascenso y cual logró 4 puntos en las primeras 8 jornadas de Liga; Miroslav Djukic, que logró tres victorias ante Athletic Club, Granada, y Rayo Vallecano, además de varios empates, pero fue destituido después de encadenar 8 partidos consecutivos perdidos; y José Antonio Romero, técnico del filial al que se le encomendó hacerse cargo del primer equipo hasta final de temporada, y el cual sólo logró dos empates fuera de casa, ante Deportivo de La Coruna y el Villarreal. A la temporada siguiente el equipo vuelve a la Segunda B tras cuajar un magnífico año en Tercera, replicas camisetas futbol proclamándose campeón de su grupo y ganando en eliminatoria de ida y vuelta la promoción de ascenso a la Gimnástica de Torrelavega. La temporada 94/95 roza las plazas de Promoción y terminará sexto. Con el cambio de milenio el equipo dependiente colchonero se proclama Campeón de Liga en la temporada 00/01 entrenados por Carlos García Cantarero, y pese a haber quedado la primera plantilla cuarta en Segunda División A, el dependiente rojiblanco disputa la Promoción de forma insólita siendo segundo en un triple empate en el que asciende el Club Polideportivo Ejido y les iguala el C.D.